Materialın jel elektroforezi ilə ayrıldıqdan sonra DNT- i görüntüləmək və çəkmək üçün istifadə edilə bilən bir neçə müxtəlif ləkə var. Bəzi seçimlər arasında bu beş suşun, ən çox istifadə edilən Ethidium bromid ilə ən çox başlanğıcdır. Bu proses ilə işləyərkən, yalnız suşların arasında olan fərqləri ancaq sağlamlıq risklərini bilmək vacibdir.
01 Etidium Bromid
Ethidium bromide, DNA'yı görselleştirmek üçün kullanılan en tanınmış boyadır. Bu boya, elektroforez tamponunda jel qarışığından istifadə edildikdən sonra və ya işləndikdən sonra gelin lekelenmesine kömək edə bilər. Boyanın molekülleri DNT şeritlərinə və UV işıq altında flüoresəyə uyğun olur və bantların jelin içərisində olduğu yerləri göstərir. Avantajına baxmayaraq, aşağı salınma, etidiyum brominin potensial kanserojen olmasıdır, buna görə böyük qayğı ilə idarə olunmalıdır. Bu gel ilə işləyən potensial sağlamlıq riski səbəbindən alternativlər tapılmışdır. 02 SYBR Gold
SYBR Gold boyası ikiqat və ya tək qapalı DNA ləkələnmək və ya RNA ləkələmək üçün istifadə edilə bilər. SYBR Gold, etidiyum bromid bazarına çarpan ilk alternativlərdən biri idi və etidyum bromiddən daha həssas hesab edilir. Nükleik turşuya bağlandıqdan sonra boya 1000 qat daha böyük UV flüoresansı nümayiş etdirir. Daha sonra qalın və yüksək miqdarda agaroz gelsinə nüfuz edir və formaldehid jellərində istifadə edilə bilər. Bağışlanmamış molekulun floresanası çox aşağı olduğundan, ayırma tələb olunmur. Lisenziyalı sahib Molekulyar Sondalar da (SYBR Qızılının buraxılmasından bəri) etidyum bromid üçün təhlükəsiz alternativlər olan SYBR Safe və SYBR Green'i inkişaf etdirmiş və satmışdır.
03 SYBR Yaşıl
SYBR Green I və II boyalar (yenə Molekulyar Sondalar tərəfindən satılan) müxtəlif məqsədlər üçün optimallaşdırılmışdır. DNT-yə bağlandıqları üçün hələ də potensial mutagenlər hesab edilir və buna görə də diqqətli olmalıdırlar. SYBR Green II, ikiqat zəncirli DNT ilə istifadə üçün daha həssasdır, digər tərəfdən isə SYBR Green II, bir qayalı DNT və ya RNT ilə istifadə üçün ən yaxşıdır. Populyar Ethidium Bromid ləkəsi kimi, bu yüksək həssas ləkələr UV yüngül altında floreser. 04 SYBR Təhlükəsiz
SYBR Safe, Ethidium Bromide və digər SYBR lekələrinə daha təhlükəsiz bir alternativ kimi dizayn edilmişdir. Təhlükəli tullantılar hesab edilmir və ümumiyyətlə müntəzəm kanalizasiya sistemlərindən (yəni drenajdan) kənarlaşdırıla bilər, çünki toksiklik testi kəskin toksiklik olmadığını göstərir. Test həmçinin Suriya Hamster Embriyo (SHE) hüceyrələri, insan lenfositləri, siçovul lenfoma hüceyrələri və AMES testində az və ya heç bir genotoksikat olmadığını göstərir. Ləkə DNT-nin daha az zərər görməsinə gətirib çıxaran və daha sonra klonlama üçün daha yaxşı səmərəlilik təklif edən mavi-işıqlı transillinatorla istifadə edilə bilər. 05 Eva Green
Eva Green, PCR'yi digər boyalara nisbətən daha az səviyyədə inhibe edən bir yaşıl floresan boyadır. Bu kəmiyyət real-time PCR kimi tətbiqlər üçün çox faydalıdır. DNT bərpa üçün aşağı ərimə nöqtəsi jelləri istifadə edərkən də yaxşı seçimdir. Yüksək temperaturda çox sabitdir və özü çox az floresansa malikdir, lakin DNK ilə əlaqəli olduqda yüksək floresan olur. Eva Green də çox aşağı və ya sitotoksisite və ya mutajeniklik olmaması üçün nümayiş etdirildi.